MolForma

MCPサーバーの概要

--mcp（画面なし）と --mcp-gui（起動したGUIの文書を共有）でネイティブstdioサーバーを提供します。2026-10-24時点の最新安定版MCP 2026-07-28 のリクエスト単位の版指定・server/discover と、2025-11-25 の初期化方式に対応します。

`--mcp-gui` で起動したMolForma。MCPのopen_fileで開いたカフェインの窒素4個が選ばれ、ステータスバーに「MCP: open_file」「MCP stdio 接続中」が出ている

図1 --mcp-gui で起動し、MCPクライアントからカフェインを開いて窒素を選んだところ。ステータスバーの左に最後のMCPの操作、右に「MCP stdio 接続中」が出ます。

共通の23ツールで文書・部品取得、原子・結合・座標編集、寸法（距離・角度・二面角）の設定、原子属性（元素・形式電荷・不対電子・同位体・質量・固定・ゴースト・原子名）の変更、測定、ファイル読込・保存、候補の確定・取消とUndo/Redo、NWChem基本・詳細・出力・実行条件の検査と変更、入力生成を公開します。文書IDと内容の版を指定して編集し、GUI側の変更との競合は拒否します。固定原子や未知のプロジェクトフィールドを保護し、変更を検証してから候補または履歴へ追加します。

--mcp は計算・結果用の4ツールを加えた計27ツールです。NWChemの実行・停止・入力一式の保存と、結果ファイル・計算フォルダーの読込・取消・取得ができます。計算はプロセス終了とともに停止します。

--mcp-gui は計40ツールです。SMILES生成・断片の追加・整形・配座探索・中止、NWChemの入力一式保存・実行・停止、履歴の走査・再利用・ごみ箱・CSV、結果の読込・取消・構造列・軌道・振動数・変位取得、虚振動を含むモードと構造列の再生・停止、PNG取得を公開します。その他の既存GUI操作も、部品一覧の取得、ボタン・メニュー実行、値入力、タブ・表・ツリー選択、セル編集、Qt内のマウス・キー入力で操作できます。確認・ファイル選択ダイアログをMCPで処理でき、OSの画面自動操作は不要です。

GUI変更は操作IDを返し、ダイアログ表示中も通信を受け付けます。背景の文書編集と破棄済み部品への操作を拒否します。GUIの確定・候補化・確認動作を引き継ぐため、操作完了と計算・読込の完了は別に確認してください。結果・カメラ操作は編集文書を変更しません。results_action の apply_structure だけは表示中の結果構造を文書の候補にし、history の confirm で確定します。

Claude Codeは claude mcp add または共有用の .mcp.json で登録でき、デスクトップの環境変数をそのまま引き継ぎます。2.1.310では新しい仕様で接続し、対話セッションではTasks拡張も使います。Claude Codeの設定例 を参照してください。

LinuxのCodexでGUI連携する場合は、env_vars に DISPLAY / WAYLAND_DISPLAY / XDG_RUNTIME_DIR / XAUTHORITY 等を設定し、デスクトップの接続情報を引き継ぎます。表示先が未指定の場合は、Qtの初期化前に標準エラーへ設定方法を出して終了します。Codexの設定例 を参照してください。

MCPからはNWChemの実行ファイル・MPIランチャー・追加の環境変数・計算条件の追加入力を変更できず、MCPから開始する計算は利用者が設定した値でだけ実行します（--mcp-allow-execution-settings で解除）。--mcp-allow-dir を指定すると、MCPが読み書きする場所をそのディレクトリ以下に限ります。安全のための制限 を参照してください。

計算の標準エラー（molforma://calculation/stderr）もリソースとして読めます。Prompts（作業手順4種）、save_file の上書き確認のElicitation、Tasks拡張（計算・整形・読込・履歴走査の完了までの追跡、tasks/cancel による中止、確認ダイアログへの回答）、文書・計算出力・結果のリソースに対応します。全ツールに title と outputSchema があります。現状はPOSIXのstdioのみです。HTTP/Windows転送、購読、Sampling等は未対応です。受信1メッセージ・構造読込ファイル8 MiB、文書10,000原子、ヘッドレスUndo100回の制限があります。結果読込は既存ビューアの上限、GUI・結果一覧は約40 KiBのページで区切ります（1件のみの場合は2 MiBまで）。編集ツールは文書全体ではなく変更の要約を返します。標準入力を閉じるとGUIモードも終了するため、切断前に必要な文書を保存してください。更新後はMCPクライアントを再接続すると追加ツールが反映されます。接続設定と詳細 を参照してください。

関連: MCPサーバー（接続設定とツールの一覧）、「機能と操作」のページの一覧。