Arch Linuxでのインストール

MolFormaをArch Linuxのパッケージとして作り、pacmanでインストールする手順です。リポジトリの packaging/arch/PKGBUILD から makepkg でパッケージ molforma-git を作ります。依存パッケージは公式リポジトリ（core・extra）から自動で入り、計算に使うNWChemはAURから入れます。

対象はArch Linux（x86-64）とMolForma 1.0.0です。2026-10-28に手順を確認しました（確認した構成）。

MolFormaのパッケージは公式リポジトリにもAURにもありません（2026-10-28時点）。PKGBUILDはGitHubのmainブランチのソースを取得してビルドします。インストールしたパッケージはpacmanで管理するので、削除は pacman -R で行えます。

必要なパッケージ

次のパッケージは、makepkg -s が公式リポジトリから自動で入れます。

区分	パッケージ	用途
実行時	`qt6-base`	画面（Qt Widgets）
実行時	`openbabel`	構造ファイルの読み書き、力場による整形、SMILESからの3D構造（フォーマットプラグインと力場データを含む）
実行時	`rdkit`	厳密な立体判定（R/S・E/Z）、残基認識
実行時	`vtk`	3D画面をVTK（OpenGL）で描画
ビルド時	`git`、`cmake`、`ninja`、`eigen`	ソースの取得とビルド
ビルド時	`boost`、`fast_float`、`nlohmann-json`、`openmpi`	RDKit・VTKのCMakeの設定が参照するもの

次のパッケージは、必要に応じて自分で入れます。

区分	パッケージ	入手元	用途
必須	`base-devel`	core	`makepkg` でのパッケージ作成（GCCを含む）
計算	`nwchem`	AUR	計算の実行。`openmpi` と、AURの `scalapack` も依存パッケージとして入る
任意	`qt6-translations`	extra	日本語表示のとき、ファイル選択などQtの標準ダイアログも日本語にする（なくても「保存」「キャンセル」などの標準ボタンは日本語）
任意	`noto-fonts-cjk`	extra	日本語のフォント（日本語のフォントが入っていない場合）

RDKitとVTKPKGBUILDはRDKitとVTKを使う構成でビルドし、CMakeがどちらかを使えないときはビルドを止めます。VTKで描画するには、OpenGL 3.2以上を使えるGPUドライバーも必要です。rdkit はPythonなどにも依存しますが、MolFormaはC++ライブラリだけを使います。
NWChem入力の作成・保存（「ジョブとして保存」）はNWChemがなくても使えます。

1. 準備する

システムを更新し、パッケージの作成に使う base-devel と git を入れます。任意のパッケージを使う場合は、続けて入れます。

sudo pacman -Syu --needed base-devel git
sudo pacman -S --needed qt6-translations noto-fonts-cjk

2. NWChemを入れる（AUR）

AURの nwchem は、依存する scalapack もAURにあるため、AURの依存を解決できるヘルパー（ここではyay）で入れます。ソースからビルドするため時間がかかります。

yay -S nwchem

yayが入っていない場合は、先に通常のユーザーでビルドして入れます。表示されるPKGBUILDを確認してから進めてください。

git clone https://aur.archlinux.org/yay.git
cd yay
less PKGBUILD
makepkg -si

NWChemは /usr/bin/nwchem に、基底関数のライブラリは /usr/share/nwchem/libraries/ に入ります。基底関数のライブラリはそのまま使えるため、~/.nwchemrc や NWCHEM_BASIS_LIBRARY の設定は不要です。MolFormaの「3 実行設定」の既定（実行ファイル nwchem、MPIで起動、MPIランチャー mpirun、2プロセス）のままで、このNWChemを起動できます。

3. パッケージを作ってインストールする

作業用のフォルダーにPKGBUILDを取得し、内容を確認してから makepkg を実行します。作業用のフォルダーは、更新のときにも使います。

mkdir -p ~/.cache/molforma-arch
cd ~/.cache/molforma-arch
curl -LO https://raw.githubusercontent.com/hnakada123/MolForma/main/packaging/arch/PKGBUILD
less PKGBUILD
makepkg -si

makepkg -si は次のことを順に行います。

足りない依存パッケージをpacmanで入れます（-s）。管理者のパスワードを聞かれます。
GitHubのmainブランチのソースを取得してビルドします。途中で -- MolForma rendering: VTK 9.7.1 (Qt6), with QPainter fallback の行が出れば、VTKで描画する構成です。CMakeがVTKやRDKitを使えない場合は、==> ERROR: CMake cannot use VTK などと出てここで止まります（困ったとき）。
テストを実行します。NWChem・ネットワークは使いません。省く場合は makepkg -si --nocheck とします。
パッケージ（molforma-git-1.0.0.r<コミット数>.g<コミットID>-1-x86_64.pkg.tar.zst）を作り、pacmanでインストールします（-i）。

ビルドはCPUのコアをすべて使います。メモリーが足りない場合は、CMAKE_BUILD_PARALLEL_LEVEL=2 makepkg -si のように同時に動かすコンパイルの数を減らしてください。

パッケージを作らずに開発用にビルドする手順は、READMEにあります。

4. 起動して確認する

パッケージは次のファイルを配置します（pacman -Ql molforma-git で一覧できます）。ファイルの種類やメニューの情報は、pacmanのフックが自動で更新します。

配置先	内容
`/usr/bin/molforma`	実行ファイル
`/usr/share/applications/molforma.desktop`	アプリケーションメニューの項目
`/usr/share/icons/hicolor/`	アイコン（`scalable` と `256x256`）
`/usr/share/mime/packages/molforma.xml`	`.molforma.json`（プロジェクト）と `.nw`（NWChem入力）のファイルの種類
`/usr/share/molforma/`	LICENSE・NOTICE・README とマニュアルのMarkdown（マニュアルは実行ファイルにも組み込み済み）

端末で molforma を実行するか、アプリケーションメニューの「MolForma」を選びます。KDE Plasmaでメニューにすぐ出ない場合は kbuildsycoca6 を実行します。表示言語はシステムの言語に従います（「編集 → 環境設定」の「表示言語 / Language」で切り替え、再起動後に反映）。

「ヘルプ → MolFormaについて」を開き、版が「MolForma 1.0.0」で、「立体判定・残基認識（RDKit）: 有効」「3D描画: VTK（OpenGL）」と表示されることを確認します。OpenGLを使えない環境では「3D描画: QPainter（CPU）」になります。
「3 実行設定」を開き、「NWChem実行ファイル」と「MPIランチャー」の欄の下に、PATHで見つかった /usr/bin/nwchem・/usr/bin/mpirun が表示されることを確認します。
小さな分子で計算してみます。手順は題材1 原子と結合から組むにあります。

更新・削除

更新する

PKGBUILDを取得し直してから、パッケージを作り直します。makepkg はmainブランチの最新のソースを取得し、新しい版のパッケージを作ってインストールします。

cd ~/.cache/molforma-arch
curl -LO https://raw.githubusercontent.com/hnakada123/MolForma/main/packaging/arch/PKGBUILD
makepkg -si

AURに公開していないため、pacman -Syu や yay -Syu ではMolFormaは更新されません。pacman -Syu でQt・Open Babel・RDKit・VTKなどの共有ライブラリが新しい版になり、molforma: error while loading shared libraries と出て起動しなくなった場合は、ソースに変更がなくても makepkg -sif で作り直してください（-f は、作成済みのパッケージがあっても作り直す指定です）。

削除する

sudo pacman -R molforma-git

アプリの設定（~/.config/MolForma/）、自動保存（~/.local/share/MolForma/）、計算のジョブ（既定は ~/MolForma/jobs）と作業用のフォルダー（~/.cache/molforma-arch）は残ります。不要なら手動で削除してください。ビルドのために入った依存パッケージは、pacman -Qdtq でほかから使われていないものを確認できます。NWChemは sudo pacman -Rs nwchem で削除できます。

困ったとき

症状	確認・対応
`==> ERROR: CMake cannot use VTK` で止まる	その前の `VTK development dependency unavailable:` の行に足りないものが出ます（`FastFloat::fast_float` は `fast_float`、`nlohmann_json::nlohmann_json` は `nlohmann-json`）。そのパッケージを入れて `makepkg -si` をやり直します
`==> ERROR: CMake cannot use RDKit` で止まる	`boost` が入っているか確認し、`makepkg -si` をやり直します
テストが失敗してパッケージができない	失敗したテストの出力を添えて、GitHubのIssuesで知らせてください。テストを省いて作るには `makepkg -si --nocheck` とします
ビルド中にメモリーが不足する	`CMAKE_BUILD_PARALLEL_LEVEL=2 makepkg -si` のように並列数を減らします
3D画面の左上に「描画: QPainter（CPU）· OpenGLを使えないため簡易表示」と出る	OpenGL 3.2以上を使えません。GPUドライバーを確認します（`mesa-utils` の `glxinfo -B` で、使われているOpenGLの実装と版が分かります）。リモートデスクトップや仮想マシンでは使えない場合があります
VTKで描画しているのに回転が遅い	`glxinfo -B` で `llvmpipe` などと出る場合は、ソフトウェアのOpenGLで描画しています
日本語が四角で表示される	`noto-fonts-cjk` などの日本語フォントを入れます
日本語表示なのに、ファイル選択などQtの標準ダイアログに英語が残る	`qt6-translations` を入れます
「実行前の確認」でNWChemやMPIランチャーが見つからない	端末で `command -v nwchem mpirun` を確認します。NWChemを別の場所に入れた場合は、「3 実行設定」でパスを指定します
`error while loading shared libraries` で起動しない	システム更新で共有ライブラリが変わりました。更新するのとおり `makepkg -sif` で作り直します

確認した構成

2026-10-28に、次の構成のArch Linux（x86-64）で、このPKGBUILDから makepkg でパッケージを作り、テスト（PKGBUILDの check()）が通ることと、パッケージの中身・依存関係を確かめました。依存パッケージはpacmanで入れてあり、makepkg の実行時・ビルド時の依存の確認も通っています。

項目	版
Qt（`qt6-base`）	6.12.0
Open Babel	3.2.1
Eigen	5.0.1
RDKit・Boost	2026.09.1・1.92.0
VTK	9.7.1
fast_float・nlohmann-json	8.3.2・3.12.0
GCC・CMake・Ninja	16.2.1・4.4.4・1.13.2
NWChem（AURの `nwchem`）	7.3.1
Open MPI	5.0.11

NWChemは ~/.nwchemrc を置かずに mpirun -np 2 nwchem で起動し、水素分子のHF/6-31G*計算が完了することを確かめました。依存パッケージを入れ済みの環境での確認で、作ったパッケージのpacmanでのインストール（-i）と、新しい環境での makepkg -s・yayによる依存の自動インストールは含みません。パッケージの実行ファイルは、展開して起動できることと版が1.0.0であることを確かめています。

関連: OS別インストール・必要パッケージ、3D描画、「3 実行設定」