Ubuntuでのインストール

MolFormaをUbuntuでソースからビルドし、debパッケージを作ってaptでインストールする手順です。ビルドに使う開発用パッケージと、計算に使うNWChemは、Ubuntuの公式リポジトリから入れます。

対象はUbuntu 26.04 LTS（amd64）とMolForma 1.0.0です。2026-10-28に、Dockerの ubuntu:26.04（26.04.1 LTS）で手順を確認しました（確認した構成）。

MolFormaのパッケージは、Ubuntuの公式リポジトリにもPPAにもありません（2026-10-28時点）。GitHubのソースからビルドし、CMakeに含まれるCPackでdebパッケージ（molforma_1.0.0_amd64.deb）を作ります。インストールしたパッケージはaptで管理するので、削除は apt remove で行えます。

必要なパッケージ

ビルドには、次のパッケージを入れます（1. パッケージを入れる）。

区分	パッケージ	用途
必須	`build-essential`、`cmake`、`ninja-build`、`git`、`pkgconf`、`file`	ビルドとdebパッケージの作成（`file` はCPackが依存ライブラリを調べるのに使う）
必須	`qt6-base-dev`	画面（Qt Widgets）、テスト（Qt Test）
必須	`libeigen3-dev`	座標・幾何の計算
必須	`libopenbabel-dev`	構造ファイルの読み書き、力場による整形、SMILESからの3D構造
任意	`librdkit-dev`、`libboost-iostreams-dev`、`libboost-serialization-dev`	厳密な立体判定（R/S・E/Z）、残基認識。Boostの2つは、RDKitのCMakeの設定が参照する
任意	`libvtk9-dev`、`libvtk9-qt-dev`	3D画面をVTK（OpenGL）で描画。VTKのCMakeの設定が参照する `nlohmann-json3-dev` やMPIの開発用パッケージも、依存として入る

実行時に使うパッケージは、作ったdebパッケージをインストールするときにaptが自動で入れます。Qt 6のライブラリと qt6-qpa-plugins、libopenbabel7（フォーマットプラグインと力場データを含む）、RDKit・VTKを使う構成では librdkit1t64・libvtk9.5・libvtk9.5-qt です。推奨パッケージの qt6-translations-l10n（日本語表示のとき、ファイル選択などQtの標準ダイアログも日本語にする）と fonts-noto-cjk（日本語のフォント）も、aptの既定の設定では一緒に入ります。

計算に使うNWChemは、公式リポジトリ（universe）の nwchem を入れます（2. NWChemを入れる）。

RDKitとVTKどちらも任意です。ビルド時にCMakeが見つけたときだけ有効になり、debパッケージの依存関係もそれに合わせて決まります。VTKで描画するには、OpenGL 3.2以上を使えるGPUドライバーも必要です。
NWChem入力の作成・保存（「ジョブとして保存」）はNWChemがなくても使えます。

1. パッケージを入れる

パッケージの一覧を更新し、必須のパッケージを入れます。

sudo apt update
sudo apt install build-essential cmake ninja-build git pkgconf file qt6-base-dev libeigen3-dev libopenbabel-dev

RDKitとVTKを使う場合は、続けて次を入れます。VTKの開発用パッケージは依存するもの（Java版のVTKなど）が多く、何もない状態からは上と合わせて約780個、ダウンロードは約1 GBになります。

sudo apt install librdkit-dev libboost-iostreams-dev libboost-serialization-dev libvtk9-dev libvtk9-qt-dev

2. NWChemを入れる

sudo apt install nwchem

Open MPI版のNWChem（nwchem-openmpi）と、MPIの実行環境（openmpi-bin）も入ります。NWChemは /usr/bin/nwchem に、基底関数のライブラリは /usr/share/nwchem/ に入ります。基底関数のライブラリはそのまま使えるため、~/.nwchemrc や NWCHEM_BASIS_LIBRARY の設定は不要です。MolFormaの「3 実行設定」の既定（実行ファイル nwchem、MPIで起動、MPIランチャー mpirun、2プロセス）のままで、このNWChemを起動できます。

3. ソースを取得してビルドする

ソースを取得し、Releaseでビルドします。取得したフォルダーと build は、更新で使うので残しておきます。

git clone https://github.com/hnakada123/MolForma.git
cd MolForma
cmake -S . -B build -G Ninja -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release
cmake --build build -j 4

3行目の cmake -S . -B build …（構成。CMakeが必要なライブラリを調べてビルドの準備をする段階）を実行すると、端末に -- MolForma rendering: で始まる行が出ます。この行で3D描画の方式を確認できます。出力の終わり近くは、例えば次のようになります。

--   Found openbabel-3, version 3.1.1
-- MolForma rendering: VTK 9.5.2 (Qt6), with QPainter fallback
-- Configuring done (2.2s)
-- Generating done (0.2s)
-- Build files have been written to: …/MolForma/build

出力が流れて見逃した場合は、構成のコマンドをもう一度実行すると同じ行が出ます。MolForma rendering: の行の意味は次のとおりです。

出力	意味
`MolForma rendering: VTK 9.5.2 (Qt6), with QPainter fallback`	VTKで描画します（OpenGLを使えない環境ではQPainter）
`MolForma rendering: QPainter (Qt6-enabled VTK development package not found)`	VTKを使いません。直前の `VTK development dependency unavailable:` の行に足りないものが出ます

足りないパッケージを入れたら、構成のコマンドからやり直します。-j 4 は同時に動かすコンパイルの数です。メモリーが足りない場合は減らしてください。

テストを実行する場合は次のとおりです（任意）。NWChem・ネットワークは使いません。テストが不要な場合は、構成のコマンドに -DBUILD_TESTING=OFF を付けるとビルドが短くなります。

ctest --test-dir build --output-on-failure

4. パッケージを作ってインストールする

build でdebパッケージを作り、aptでインストールします。./ を付けると、aptはパッケージ名ではなくファイルとして扱い、足りない依存パッケージも一緒に入れます。

cd build
cpack -G DEB
sudo apt install ./molforma_1.0.0_amd64.deb

cpack は、実行ファイルが使う共有ライブラリから依存関係を割り出して（dpkg-shlibdeps）、パッケージに書き込みます。パッケージは次のファイルを配置します（dpkg -L molforma で一覧できます）。ファイルの種類やメニューの情報は、インストール時に自動で更新されます。

配置先	内容
`/usr/bin/molforma`	実行ファイル
`/usr/share/applications/molforma.desktop`	アプリケーションメニューの項目
`/usr/share/icons/hicolor/`	アイコン（`scalable` と `256x256`）
`/usr/share/mime/packages/molforma.xml`	`.molforma.json`（プロジェクト）と `.nw`（NWChem入力）のファイルの種類
`/usr/share/molforma/`	LICENSE・NOTICE・README とマニュアルのMarkdown（マニュアルは実行ファイルにも組み込み済み）

5. 起動して確認する

端末で molforma を実行するか、アプリの一覧から「MolForma」を選びます。表示言語はシステムの言語に従います（「編集 → 環境設定」の「表示言語 / Language」で切り替え、再起動後に反映）。

「ヘルプ → MolFormaについて」を開き、版が「MolForma 1.0.0」で、RDKit・VTKを入れた場合は「立体判定・残基認識（RDKit）: 有効」「3D描画: VTK（OpenGL）」と表示されることを確認します。OpenGLを使えない環境では「3D描画: QPainter（CPU）」になります。
「3 実行設定」を開き、「NWChem実行ファイル」と「MPIランチャー」の欄の下に、PATHで見つかった /usr/bin/nwchem・/usr/bin/mpirun が表示されることを確認します。
小さな分子で計算してみます。手順は題材1 原子と結合から組むにあります。

更新・削除

更新する

ソースを更新してビルドし直し、パッケージを作り直してインストールします。版番号が同じ間は、aptは入れ直さないので --reinstall を付けます。

cd MolForma
git pull --ff-only
cmake --build build -j 4
cd build
cpack -G DEB
sudo apt install --reinstall ./molforma_1.0.0_amd64.deb

Ubuntuを新しいリリースに上げると、Qt・Open Babel・RDKit・VTKなどのライブラリの版が変わり、MolFormaが起動しなくなったり、依存関係が満たせず削除されたりします。その場合は、build を削除して3. ソースを取得してビルドするの構成からやり直し、パッケージを作り直してインストールしてください。

削除する

sudo apt remove molforma

アプリの設定（~/.config/MolForma/）、自動保存（~/.local/share/MolForma/）、計算のジョブ（既定は ~/MolForma/jobs）は残ります。不要なら手動で削除してください。1. パッケージを入れるで入れた開発用パッケージも残ります。不要なら sudo apt remove で指定して削除し、sudo apt autoremove で一緒に入ったものも削除できます。NWChemは sudo apt remove nwchem の後に sudo apt autoremove で削除できます。

困ったとき

症状	確認・対応
構成が `Qt6`・`Eigen3`・`openbabel-3` が見つからないというエラーで止まる	1. パッケージを入れるの必須のパッケージを入れ、構成からやり直します
構成が `The link interface of target "RDKit::rdkit_base" contains: Boost::serialization … but the target was not found` のエラーで止まる	`librdkit-dev` はBoostの開発用パッケージを入れません。`libboost-iostreams-dev`・`libboost-serialization-dev` を入れ、構成からやり直します
`MolForma rendering: QPainter (Qt6-enabled VTK development package not found)` と出る	`libvtk9-dev`・`libvtk9-qt-dev` を入れたか確認します。`VTK development dependency unavailable:` の行に出たものを入れ、構成からやり直します
`cpack` が `CPackDeb: file utility is not available` で止まる	`sudo apt install file` で `file` を入れ、`cpack -G DEB` をやり直します
更新したのに `molforma is already the newest version` と出て入れ直されない	版番号が同じため、`sudo apt install --reinstall ./molforma_1.0.0_amd64.deb` とします
3D画面の左上に「描画: QPainter（CPU）· OpenGLを使えないため簡易表示」と出る	OpenGL 3.2以上を使えません。GPUドライバーを確認します（`mesa-utils` の `glxinfo -B` で、使われているOpenGLの実装と版が分かります）。リモートデスクトップや仮想マシンでは使えない場合があります
VTKで描画しているのに回転が遅い	`glxinfo -B` で `llvmpipe` などと出る場合は、ソフトウェアのOpenGLで描画しています
日本語が四角で表示される	`fonts-noto-cjk` などの日本語フォントを入れます
日本語表示なのに、ファイル選択などQtの標準ダイアログに英語が残る	`qt6-translations-l10n` を入れます
「実行前の確認」でNWChemやMPIランチャーが見つからない	端末で `command -v nwchem mpirun` を確認します。NWChemを別の場所に入れた場合は、「3 実行設定」でパスを指定します
計算のログ（標準エラー）に `osc_ucx_component.c … Error: OSC UCX component priority set inside component query failed` と出る	Open MPIの通信部品（UCX）の警告で、計算の結果には影響しません。表示しないようにするには、「3 実行設定」の追加の環境変数に、名前 `OMPI_MCA_osc`・値 `^ucx` を加えます
`error while loading shared libraries` で起動しない	ライブラリの版が変わりました。更新するのとおり、構成からやり直してパッケージを作り直します
ビルド中にメモリーが不足する	`cmake --build build -j 2` のように並列数を減らします

確認した構成

2026-10-28に、Dockerの ubuntu:26.04（Ubuntu 26.04.1 LTS、amd64）で、次のことを確かめました。

上のパッケージを入れたコンテナで、ソースを構成・ビルドし（RDKit・VTKとも有効）、CTestの14件すべてが通ること（並列なし・並列の両方）。XvfbとMesaのソフトウェアOpenGLで、VTKの描画経路を検査する任意のテスト（3D描画）も通ること。
cpack -G DEB でdebパッケージを作り、何も入れていない別のコンテナで apt install ./molforma_1.0.0_amd64.deb と apt install nwchem が依存パッケージごと入ること。一般ユーザーで molforma が起動し、版が1.0.0であること、ファイルの種類が登録されること。
~/.nwchemrc を置かずに mpirun -np 2 nwchem で水素分子のHF/6-31G*計算が完了すること。MolFormaの実行設定のテスト（実際のNWChemを使う任意のテスト）で、MPI 2プロセスの水のHF/STO-3G計算が完了し、SCFエネルギーが −74.945628203255 Hartree になること。

項目	版
Qt（`qt6-base-dev`）	6.10.2
Open Babel	3.1.1
Eigen	3.4.0
RDKit・Boost	2025.03.6・1.90.0
VTK	9.5.2
GCC・CMake・Ninja	15.2.0・4.2.3・1.13.2
NWChem	7.3.1
Open MPI	5.0.10

実機のデスクトップ（GPUでのVTKの描画、GNOMEのアプリ一覧）と、Ubuntu 24.04 LTSなどほかの版は確認していません。

関連: OS別インストール・必要パッケージ、3D描画、「3 実行設定」