Windowsでのインストール

MolFormaをWindowsでMicrosoft Visual C++（MSVC）を使ってソースからビルドし、フォルダーにインストールする手順です。ビルドに使うライブラリはvcpkgとソースから（RDKitとVTKを含む）、計算に使うNWChemはWSL（Windows Subsystem for Linux）のUbuntuに入れます。

対象はWindows 11（x64）とMolForma 1.0.0です。2026-10-28に、Windows 11 HomeとVisual Studio Community 2026で手順を確認しました（確認した構成）。

MolFormaのWindows用のインストーラーや配布ファイルはありません。GitHubのソースからビルドし、cmake --install で、実行に必要なQt・Open BabelのファイルをまとめたMolFormaのフォルダーを作ります。NWChemはWindows版が公式には配布されていないため、WSLのUbuntuのパッケージを使い、MolFormaに付属する2つのバッチファイル（nwchem.cmd・mpirun.cmd）から起動します。

必要なソフトウェア

• Open Babelvcpkgにはないため、ソースからMSVCでビルドします（3. Open Babelをビルドする）。
• RDKitとVTKどちらも任意で、ビルド時にCMakeが見つけたときだけ有効になります（4. RDKitとVTKをビルドする（任意））。VTKがないときは、3D画面をQPainter（CPU）で描画します（3D描画）。
• Pythonビルドにも実行にも使いません。

以下のコマンドは、スタートメニューの「x64 Native Tools Command Prompt for VS」（MSVCの環境を設定したコマンドプロンプト）で実行します。作業用のフォルダーは C:\dev とします。

1. Visual Studio・Git・Qtを入れる

1. Visual Studio（Communityで可）をインストールし、ワークロード「C++によるデスクトップ開発」を選びます。MSVC・Windows SDK・「Windows用C++ CMakeツール」（CMakeとNinja）が入ります。
2. Git for Windows をインストールします。Open Babelのビルドに、付属のPerl（C:\Program Files\Git\usr\bin\perl.exe）を使います。
3. Qt Online Installer でQtをインストールし、Qt 6の版の下の「MSVC 2022 64-bit」を選びます（Qtアカウントが必要です）。以下では C:\Qt\6.11.2\msvc2022_64 に入れたとします。MSVC 2022用のQtは、Visual Studio 2026のMSVCでもそのまま使えます。

2. vcpkgでライブラリを入れる

vcpkg を取得し、Eigen・zlib・libxml2を入れます。

cd /d C:\dev
git clone https://github.com/microsoft/vcpkg.git
vcpkg\bootstrap-vcpkg.bat -disableMetrics
vcpkg\vcpkg install --triplet x64-windows eigen3 zlib libxml2[core]

ヘッダー・ライブラリ・DLLは C:\dev\vcpkg\installed\x64-windows に入ります。

3. Open Babelをビルドする

Open Babel 3.2.1のソースを取得し、ビルドして C:\dev\openbabel-install にインストールします。

cd /d C:\dev
git clone -c core.autocrlf=false -c core.eol=lf --depth 1 --branch openbabel-3-2-1 https://github.com/openbabel/openbabel.git
cd openbabel
cmake -S . -B build -G Ninja -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=C:/dev/openbabel-install ^
  -DCMAKE_PREFIX_PATH=C:/dev/vcpkg/installed/x64-windows -DOB_USE_PREBUILT_BINARIES=OFF ^
  -DWITH_INCHI=OFF -DWITH_MAEPARSER=OFF -DWITH_COORDGEN=OFF -DBUILD_GUI=OFF -DENABLE_TESTS=OFF ^
  "-DPERL_EXECUTABLE=C:/Program Files/Git/usr/bin/perl.exe"
cmake --build build -j 4
cmake --install build

• -c core.autocrlf=false -c core.eol=lf: データファイルの改行をLFのまま取得します。Git for Windowsの既定ではCRLFに変換され、そのデータでは環状の分子（シクロヘキサンなど）の3D構造の生成に失敗します。
• -DWITH_INCHI=OFF: Open Babel 3.2.1に含まれるInChIライブラリは、MSVCではリンクできません。MolFormaはInChIを使いません。
• -DOB_USE_PREBUILT_BINARIES=OFF など: Open Babelのソースに含まれない、または構成時にダウンロードする部品（GUI、Maestro形式、Coordgen）を使いません。

C:\dev\openbabel-install\bin に openbabel-3.dll とフォーマットのプラグイン（*.obf）が、bin\data に力場などのデータが入ります。Open BabelのCMakeの設定（lib\cmake\openbabel3）もここに入り、MolFormaはこれで見つけます（MSVCのビルドではpkg-configの設定は作られません）。

4. RDKitとVTKをビルドする（任意）

RDKit（厳密な立体判定・残基認識）とVTK（3D画面のOpenGL描画）は任意です。RDKitはvcpkgになく、vcpkgのVTKはvcpkg自身のQtを使うため、どちらもソースからビルドします。使わない場合はこの章を飛ばし、5. MolFormaをビルドするの CMAKE_PREFIX_PATH から C:/dev/rdkit-install と C:/dev/vtk-install を除きます。4コアのPCで、BoostとRDKitで約40分、VTKで約45分かかりました（一部を並行して実行）。

RDKit

RDKitが使うBoostのライブラリをvcpkgで入れます。

cd /d C:\dev
vcpkg\vcpkg install --triplet x64-windows boost-algorithm boost-any boost-assign boost-container boost-crc boost-dynamic-bitset ^
  boost-flyweight boost-format boost-functional boost-graph boost-integer boost-iostreams[core] boost-json ^
  boost-lexical-cast boost-multi-array boost-multiprecision boost-numeric-conversion boost-optional ^
  boost-parameter boost-predef boost-property-map boost-property-tree boost-random boost-range ^
  boost-rational boost-smart-ptr boost-tokenizer boost-unordered boost-variant2

RDKit Release_2026_09_1のソースを取得し、C++のライブラリだけをビルドして C:\dev\rdkit-install にインストールします。構成の途中で、RDKitのCMakeがCatch2・better-enums・RingDecomposerLibをGitHubから取得します。

cd /d C:\dev
git clone -c core.autocrlf=false -c core.eol=lf --depth 1 --branch Release_2026_09_1 https://github.com/rdkit/rdkit.git
cd rdkit
cmake -S . -B build -G Ninja -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=C:/dev/rdkit-install ^
  -DCMAKE_PREFIX_PATH=C:/dev/vcpkg/installed/x64-windows -DRDK_INSTALL_INTREE=OFF ^
  -DRDK_BUILD_PYTHON_WRAPPERS=OFF -DRDK_BUILD_CPP_TESTS=OFF -DRDK_TEST_MMFF_COMPLIANCE=OFF ^
  -DRDK_USE_BOOST_SERIALIZATION=OFF -DRDK_USE_BOOST_IOSTREAMS=OFF -DRDK_USE_BOOST_STACKTRACE=OFF ^
  -DRDK_BUILD_COORDGEN_SUPPORT=OFF -DRDK_BUILD_MAEPARSER_SUPPORT=OFF -DRDK_BUILD_CHEMDRAW_SUPPORT=OFF ^
  -DRDK_BUILD_PUBCHEMSHAPE_SUPPORT=OFF -DRDK_BUILD_DESCRIPTORS3D=OFF -DRDK_BUILD_FREETYPE_SUPPORT=OFF
cmake --build build -j 4
cmake --install build

• MSVCでは静的ライブラリ（*.lib）を作ります。MolFormaの実行ファイルに組み込まれるので、インストールしたフォルダーにRDKitのDLLは増えません。
• Pythonのラッパー、図の描画のフォント（FreeType）、Coordgen・Maestro形式・ChemDraw形式・PubChemの形状比較・3D記述子は、MolFormaが使わないのでビルドしません。

VTK

VTK 9.7.1のソースを取得し、MolFormaが使うモジュールだけを、Qtに合わせてビルドします（AppImageと同じ構成です）。certutil が表示するSHA-256が cae04fd355004cb916a409db79d53a208f1221e975aeacc7540ee67b148ee91a であることを確認してから展開します。

cd /d C:\dev
curl -L -o VTK-9.7.1.tar.gz https://vtk.org/files/release/9.7/VTK-9.7.1.tar.gz
certutil -hashfile VTK-9.7.1.tar.gz SHA256
tar -xzf VTK-9.7.1.tar.gz
cd VTK-9.7.1
cmake -S . -B build -G Ninja -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=C:/dev/vtk-install ^
  -DCMAKE_PREFIX_PATH=C:/Qt/6.11.2/msvc2022_64 -DBUILD_SHARED_LIBS=ON -DVTK_QT_VERSION=6 ^
  -DVTK_BUILD_TESTING=OFF -DVTK_BUILD_EXAMPLES=OFF -DVTK_WRAP_PYTHON=OFF -DVTK_WRAP_JAVA=OFF -DVTK_USE_MPI=OFF ^
  -DVTK_GROUP_ENABLE_Imaging=DONT_WANT -DVTK_GROUP_ENABLE_MPI=DONT_WANT -DVTK_GROUP_ENABLE_Qt=DONT_WANT ^
  -DVTK_GROUP_ENABLE_Rendering=DONT_WANT -DVTK_GROUP_ENABLE_StandAlone=DONT_WANT ^
  -DVTK_GROUP_ENABLE_Views=DONT_WANT -DVTK_GROUP_ENABLE_Web=DONT_WANT ^
  -DVTK_MODULE_ENABLE_VTK_CommonCore=YES -DVTK_MODULE_ENABLE_VTK_CommonDataModel=YES ^
  -DVTK_MODULE_ENABLE_VTK_FiltersSources=YES -DVTK_MODULE_ENABLE_VTK_RenderingCore=YES ^
  -DVTK_MODULE_ENABLE_VTK_RenderingOpenGL2=YES -DVTK_MODULE_ENABLE_VTK_GUISupportQt=YES ^
  -DVTK_MODULE_ENABLE_VTK_InteractionStyle=YES
cmake --build build -j 4
cmake --install build

C:\dev\vtk-install\bin にVTKのDLLが入ります。VTKで描画するには、OpenGL 3.2以上を使えるGPUドライバーも必要です。

5. MolFormaをビルドする

ソースを取得し、Releaseでビルドします。取得したフォルダーと build は、更新で使うので残しておきます。

cd /d C:\dev
git clone https://github.com/hnakada123/MolForma.git
cd MolForma
cmake -S . -B build -G Ninja -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release ^
  "-DCMAKE_PREFIX_PATH=C:/Qt/6.11.2/msvc2022_64;C:/dev/openbabel-install;C:/dev/rdkit-install;C:/dev/vtk-install;C:/dev/vcpkg/installed/x64-windows"
cmake --build build -j 4

cmake -S . -B build …（構成）の出力の終わり近くに、見つけたOpen Babelと3D描画の方式が出ます。VTKを入れていない場合は MolForma rendering: QPainter (Qt6-enabled VTK development package not found) になります。RDKitは、CMakeのキャッシュ（build\CMakeCache.txt）の rdkit_DIR が C:/dev/rdkit-install/lib/cmake/rdkit なら見つかっています。

-- Found OpenBabel3, version 3.2.1, in C:/dev/openbabel-install/bin
-- MolForma rendering: VTK 9.7.1 (Qt6), with QPainter fallback

ビルドすると、build の実行ファイルの横に、それが使うDLL（Qt・Open Babel・VTK・vcpkgのもの）とOpen Babelのプラグイン、Qtの場所を示す qt.conf がコピーされます。このため build\molforma.exe は、PATHを設定しなくても起動できます。

テストを実行する場合は次のとおりです（任意）。NWChem・ネットワークは使いません。

ctest --test-dir build --output-on-failure

6. インストールする

build からインストールします。ここではユーザーごとのアプリの場所（%LOCALAPPDATA%\Programs\MolForma）に入れます。管理者の権限は要りません。

cmake --install build --prefix "%LOCALAPPDATA%\Programs\MolForma"

windeployqt がQtのDLL・プラグイン・翻訳を、CMakeがOpen Babel・VTK・vcpkgの必要なDLLを集め、このフォルダーだけで起動できるようにします（RDKitとVTKを含めて約190 MB、どちらもなしで約110 MB）。

スタートメニューから起動できるように、ショートカットを作ります（任意）。PowerShellで次を実行します。

$s = (New-Object -ComObject WScript.Shell).CreateShortcut("$env:APPDATA\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\MolForma.lnk")
$s.TargetPath = "$env:LOCALAPPDATA\Programs\MolForma\bin\molforma.exe"
$s.Save()

MSVCの実行時ライブラリ（MSVCP140.dll など）はフォルダーに含めません。Visual Studioを入れたPCにはあります。フォルダーをほかのPCにコピーして使う場合は、そのPCに「Microsoft Visual C++ 再頒布可能パッケージ」（x64）を入れてください。

7. NWChemを入れる（WSL）

WSLのUbuntuにNWChemを入れます。WSLを使っていない場合は、管理者のPowerShellで wsl --install を実行し、再起動後にUbuntuのユーザー名とパスワードを設定します。続けて、コマンドプロンプトで次を実行します。

wsl sudo apt update
wsl sudo apt install nwchem

Ubuntu 24.04では、NWChem 7.2.2とOpen MPI版（nwchem-openmpi）・MPIの実行環境（openmpi-bin）が入ります。基底関数のライブラリはそのまま使えるため、~/.nwchemrc の設定は不要です。

MolFormaからは、インストールしたフォルダーの nwchem-wsl にある2つのバッチファイルを使います。どちらも既定のWSLディストリビューションで、ジョブフォルダー（WSLからは /mnt/c/… に見える）を作業場所にしてNWChemを実行します。

MolFormaの「編集 → 環境設定」で、実行設定の既定値を次のようにして保存します。起動方式「MPI」と起動数2は既定のままです。<ユーザー名> はWindowsのユーザー名です（%LOCALAPPDATA% は書けないので、展開したパスを入力します）。

既定値は、新規作成と構造ファイルを開いたときに使います。既に作ったプロジェクトは「3 実行設定」で同じように変えます。nwchem-wsl フォルダーをWindowsのPATHに加えれば、名前の nwchem・mpirun（実行設定の既定）のまま使うこともできます。

• スレッド数（OMP_NUM_THREADS・OPENBLAS_NUM_THREADS・OMP_STACKSIZE）は、バッチファイルが WSLENV でWSLに渡します。「追加の環境変数」はWSLには渡りません。必要ならバッチファイルの WSLENV の行に名前を加えます。
• 「停止」では、2秒後に cmd.exe・wsl.exe とWSLの mpirun・NWChemをまとめて終了します（「3 実行設定」）。
• ジョブフォルダー（既定は C:\Users\<ユーザー名>\MolForma\jobs）はWSLからはネットワーク経由のように見えるため、大きな一時ファイルを書く計算は、Linuxで直接動かすより遅くなります。

8. 起動して確認する

スタートメニューの「MolForma」か、%LOCALAPPDATA%\Programs\MolForma\bin\molforma.exe から起動します。表示言語はWindowsの言語に従います（「編集 → 環境設定」の「表示言語 / Language」で切り替え、再起動後に反映）。

1. 「ヘルプ → MolFormaについて」を開き、版が「MolForma 1.0.0」で、RDKit・VTKを入れた場合は「立体判定・残基認識（RDKit）: 有効」「3D描画: VTK（OpenGL）」と表示されることを確認します。OpenGLを使えない環境（一部のリモートデスクトップや仮想マシン）では「3D描画: QPainter（CPU）」になります。
2. 部品パレットの検索欄に CC1CCCCC1（メチルシクロヘキサン）と入力し、「SMILES「CC1CCCCC1」から3Dで作成」で3D構造の候補ができることを確認します（Open Babelとそのデータを使います）。
3. 「3 実行設定」を開き、「実行前の確認」でNWChem実行ファイルとMPIランチャーが見つかっていることを確認します。
4. 小さな分子で計算してみます。手順は題材1 原子と結合から組むにあります。

設定は %APPDATA%\MolForma\MolForma.ini に、未保存の作業の自動保存は %LOCALAPPDATA%\MolForma\autosave に置きます（Windowsのレジストリは使いません）。

更新・削除

更新する

ソースを更新してビルドし直し、同じ場所にインストールし直します。Open Babel・RDKit・VTK・Qt・vcpkgのライブラリを更新しない間は、5. MolFormaをビルドするの構成からやり直す必要はありません。

cd /d C:\dev\MolForma
git pull --ff-only
cmake --build build -j 4
cmake --install build --prefix "%LOCALAPPDATA%\Programs\MolForma"

Qtの版を変えた場合は、VTKもそのQtでビルドし直し、MolFormaの build を削除して、新しいQtのフォルダーを CMAKE_PREFIX_PATH に指定して構成からやり直します。インストール先も一度削除してから入れ直すと、古いQtのファイルが残りません。

削除する

インストールしたフォルダー %LOCALAPPDATA%\Programs\MolForma と、作った場合はスタートメニューのショートカット（%APPDATA%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\MolForma.lnk）を削除します。設定（%APPDATA%\MolForma）、自動保存（%LOCALAPPDATA%\MolForma）、計算のジョブ（既定は %USERPROFILE%\MolForma\jobs）は残ります。不要なら手動で削除してください。ビルドに使った C:\dev の下のフォルダー（MolForma・Open Babel・RDKit・VTK・vcpkgと、それぞれの *-install）も、不要なら削除できます。NWChemは wsl sudo apt remove nwchem の後に wsl sudo apt autoremove で削除できます。

困ったとき

確認した構成

2026-10-28に、次の構成で確かめました。

• 上の手順でOpen Babel・RDKit・VTKとMolFormaを構成・ビルドし、CTestの14件すべてが通ること（RDKitの検査もスキップされずに実行）。RDKit・VTKのない構成でも14件すべてが通ること。
• 実際のデスクトップ（GPUのOpenGL）で、VTKの描画経路を検査する任意のテスト（MOLFORMA_REQUIRE_VTK=1 で test_rendering を実行。3D描画）が通ること。
• cmake --install で作ったフォルダーから、Qt・Open Babel・vcpkgのフォルダーをPATHに含めずに起動でき、シクロヘキサン・メチルシクロヘキサンのSMILESから3D構造を生成できること。
• WSLのUbuntu 24.04にaptで入れたNWChemを mpirun.cmd・nwchem.cmd で起動し、MolFormaの実行設定のテスト（実際のNWChemを使う任意のテスト）で、MPI 2プロセスの水のHF/STO-3G計算が完了し、SCFエネルギーが −74.945628203255 Hartree になること。計算途中の停止で、WSLの mpirun とNWChemも終了すること。

vcpkgは、Visual Studioに付属する vcpkg.exe と、それに合う版のポート（タグ 2026.06.24）を使いました。Windows 10とARM64のWindowsは確認していません。

関連: OS別インストール・必要パッケージ、3D描画、「3 実行設定」